विभाग स्थापना हुनुपूर्व राजस्व चुहावट नियन्त्रण गर्ने उद्येश्यले वि.सं. २०३४ सालमा अर्थ मन्त्रालयमा राजस्व अनुसन्धान महाशाखाको स्थापना भएको थियो । पछि राजस्व चुहावट नियन्त्रण गर्न एक विशिष्टीकृत निकायको रुपमा अर्थ मन्त्रालय अन्तर्गत राजस्व अनुसन्धान विभागको स्थापना वि.सं. २०५० सालमा भएको हो । प्रारम्भमा कर राजस्व चुहावट सम्वन्धी अनुसन्धान तहकिकात र अभियोजन गर्ने क्षेत्राधिकार पाएको विभागले आ.ब. २०६५/६६ देखि गैर कर राजस्व चुहावट सम्वन्धी अनुसन्धान तहकिकात र अभियोजन गर्ने क्षेत्राधिकार समेत प्राप्त गरेको छ । साथै, नेपाल सरकारले विदेशी विनिमय सम्बन्धी कसूरको सम्बन्धमा जाँचबुझ र अनुसन्धान गर्नको लागि विभागका महानिर्देशक वा निजले तोकेको यसै विभाग वा अन्तर्गतका अधिकृतहरुलाई अनुसन्धान अधिकारी तोकेको छ । राजस्व चुहावट (अनुसन्धान तथा नियन्त्रण) ऐन, २०५२ र राजस्व चुहावट (अनुसन्धान तथा नियन्त्रण) नियमावली, २०७० तथा विदेशी विनिमय (नियमित गर्ने) ऐन, २०१९ र विदेशी विनिमय (नियमित गर्ने) नियमहरु २०२० बमोजिम राजस्व चुहावट तथा विदेशी विनिमय अपचलन सम्वन्धी कसुरमा अनुसन्धान, तहकिकात र अभियोजन गर्ने क्षेत्राधिकार यस विभागलाई तोकिएको छ ।
हाल यस विभाग नेपाल सरकार (मन्त्रिपरिषद्को) मिति २०७४ फागुन १३ गतेको निर्णयानुसार प्रधानमन्त्री तथा मन्त्रिपरिषद्को कार्यालय अन्तर्गत क्रियाशील रहदै आएको छ । विभाग हाल हरिहरभवन, ललितपुरमा रहेको छ । यस अन्तर्गत चारवटा कार्यालयहरु (इटहरी, पथलैया, वुटवल र कोहलपुर) रहेका छन ।